Las diferentes carpetas en tu alojamiento web a través de FTP te ayudan a organizar los archivos de tus páginas web.
Por defecto, los dominios registrados en HOSTNAUTA (esto puede variar según el proveedor) apuntan a la carpeta /public_html/ en el espacio web. Para que los archivos sean visibles desde tu dominio (http://www.tudominio.com), deben estar ubicados en esta carpeta.
Si deseas crear una nueva página web en una ruta diferente, como por ejemplo "http://www.tudominio.com/tienda/", necesitarás crear la carpeta "tienda" dentro de "/public_html/". Luego, los archivos deben ser subidos a la carpeta "/public_html/tienda/".
También es posible cambiar la carpeta a la que apunta tu dominio desde la pestaña de "Subdominios", donde puedes editar el directorio al que deseas que apunte.