Técnicamente, no hay ninguna diferencia. Los nombres de dominios son visibles en todo Internet, sin importar el sufijo.
Administrativamente, el dominio ".CL" representa nombres de dominios inscritos en Chile, ".ES" respresenta nombres de dominios inscritos en España. En cambio los dominios ".com", ".net", ".org" u otros, como “.info”, “.biz”, etc, son de carácter genérico (no involucran una ubicación geográfica) y su registro es administrado por varias empresas y entidades en forma coordinada a través de todo el mundo.